Administrationen af stiftet som helhed finder sted gennem bispeembedet og stiftsøvrigheden. Tilsynet med præsterne og det kirkelige liv i sognene udøves af bispeembedet. Tilsynet med sognenes administrative og økonomiske forhold udøves af stiftsøvrigheden, som består af biskoppen og stiftamtmanden. Tilsynet udøves i samarbejde med provster og provstiudvalg.

Desuden udøves der fra stiftsøvrigheden en rådgivende virksomhed i juridiske, økonomiske og tekniske spørgsmål. Stiftets konsulenttjeneste vil ofte være inddraget i denne rådgivende virksomhed.

De tilsynsfunktioner, som er tillagt stiftsadministrationen, består dels i den kontrolvirksomhed, som skal sikre at beslutninger og iværksættelsen af dem sker i overensstemmelse med gældende lovgivning, dels i den servicevirksomhed, der på forskellig vis finder sted i forhold til stiftets præster og menighedsråd. I det daglige arbejde på Fyens Stifts kontor fylder servicevirk­somheden en hel del mere end den egentlige kontrolvirksomhed, hvilket også er tilstræbt. Jo bedre rådgivningen er, des mindre kontrol er der efterfølgende brug for, hvilket er forudsætningen for, at der kan være et tillidsfuldt samarbejde mellem folkekirkens forskellige kompetenceområder.  

Biskop Kresten Drejergaard og stiftamtmand Ninna Würtzen udgør i fællesskab Stiftsøvrigheden, der fungerer som overtilsyn.

Se oplysninger om telefontid, træffetid m.v. under Administrationen.